在第二次新吉恩戰(zhàn)爭(zhēng)、別名“夏亞的叛亂”終結(jié)后，地球圈取得了短暫的和平。
這之后3年，宇宙世紀(jì)0096年。在工業(yè)殖民地“工業(yè)7號(hào)”上進(jìn)行了一項(xiàng)秘密交涉。內(nèi)容為－－被認(rèn)為是地球聯(lián)邦政府暗中操控的“比斯特財(cái)團(tuán)”將把最高機(jī)密“拉普拉斯之箱”交給新吉恩的殘黨軍“袖付”。
另一方面，在安納海姆工業(yè)專門學(xué)校就讀的少年巴納吉·林克斯遇見(jiàn)了自稱為奧黛麗·本的少女（實(shí)為舊吉恩公國(guó)次男多茲魯·扎比之女，美耐巴·扎比）奧黛麗為了制止新的戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)，必須組織“拉普拉斯之箱”的交易。巴納吉在數(shù)次幫助奧黛麗之后，逐漸被她所吸引。
隨后，地球聯(lián)邦察覺(jué)了這起交易，并進(jìn)行軍事介入，工業(yè)殖民地隨即化為一片火海。巴納吉和同伴一邊避難一邊尋找著奧黛麗，而出現(xiàn)在他面前的是比斯特財(cái)團(tuán)的當(dāng)家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯將出生的秘密告訴了巴納吉，并且將箱之鑰匙－－“機(jī)動(dòng)戰(zhàn)士高達(dá)獨(dú)角獸”托付給他。
隨后，一場(chǎng)圍繞“拉普拉斯之箱”的戰(zhàn)爭(zhēng)開(kāi)始了……
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