創(chuàng)圣紀(jì)0011年的地球，由于11年前的大異變，人類喪失了2/3的人口。
南極冰山溶化，1萬(wàn)2千年前滅亡的亞特蘭蒂亞重現(xiàn)于世，擁有雙翼的「墮天翅族」蘇醒了。他們將生物機(jī)械兵器「神話獸」接連送入人類的都市，捕獲人類，攝取生體能源「Purana」。
另一方面，人類決心反擊，從海底遺跡發(fā)掘?qū)缛_(tái)組合（hybrid）戰(zhàn)斗機(jī)「Vector Machine」。這是1萬(wàn)2千年前，將墮天翅族逼入滅亡絕境的傳說中的兵器。Vector Machine經(jīng)過合體，「機(jī)械天使Aquarion」即將現(xiàn)身。
要啟動(dòng)Aquarion，需要能與機(jī)體的機(jī)械生命感應(yīng)和共鳴，稱為「Element」的人。這要求特別敏銳的五感和純真的靈魂，因此十五歲左右的少年少女們被選為機(jī)師，集中起來。
而后，「機(jī)械天使Aquarion」合體的時(shí)刻終于到來…
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