ときは戦國時代(せんごくじだい)。 先祖(せんぞ)だいだい、ヒラ忍者(にんじゃ)の家に生まれた 亂太郎(らんたろう)は、一流(いちりゅう)の忍者になってほしいという 両親(りょうしん)のきたいをむねに、 忍術(shù)學(xué)園(にんじゅつがくえん)に入學(xué)(にゅうがく)。
そこには堺(さかい)の豪商(ごうしょう)のむすこ?しんべヱや、 いくさで親(おや)をなくしながらもたくましく生きるきり丸がいた。
忍術(shù)學(xué)園のせいとは忍者のたまご、『忍たま』とよばれる。 忍術(shù)學(xué)園には、ナゾの天才(てんさい)忍者だった 學(xué)園長(がくえんちょう)をはじめ、 ユニークな先生(せんせい)や上級生(じょうきゅうせい)、 ちょっと手ごわい「くの一教室(きょうしつ)」の女の子たちや 忍犬(にんけん)ヘムヘムなどがいて、とってもにぎやか！
