故事是發(fā)生在Milo與Kida留在亞特蘭提斯之後的事情。幾艘貨船途經(jīng)亞特蘭提斯北方的海面遭受攻擊，於是Milo 、Kida跟隨來訪的探險小組一同展開調(diào)查，卻發(fā)現(xiàn)攻擊者并不是機(jī)器龍蝦，而是其他神秘的力量。渡過這次危機(jī)之後，Kida 為了找出魔幻水晶最適合的安排方式，便和 Milo 與探險隊(duì)員踏上旅程，她要查出為何當(dāng)初她父親要把水晶隱藏起來，害他們的文明差點(diǎn)毀滅。他們也要做出決定，到底該把魔幻水晶拿來運(yùn)用呢？還是將其永遠(yuǎn)隱藏起來？
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