《魚》故事講述在女主角華織與兩同伴到?jīng)_繩海邊旅游，在別墅中，她們竟然發(fā)現(xiàn)一條有腳的魚，雖然華織用桌子把它砸死并扔掉，但腥臭卻還在，而且魚的尸體也不翼而飛，女主角被尸臭感染，最終死去，世界也被魚身上的“腳”所占領(lǐng)，成千上萬(wàn)的人都被魚身上的”腳“所控制，是一個(gè)災(zāi)難性的故事。動(dòng)畫版的《魚》和漫畫版原作基本保持了相同的故事主線，只是對(duì)其中部分人物和敘事順序進(jìn)行了改動(dòng)。
女主角華織與其好友亞紀(jì)，惠理香去沖繩海邊進(jìn)行畢業(yè)旅行，意外發(fā)現(xiàn)一種散發(fā)惡臭的步行魚。隨著時(shí)間的推移，步行魚開始大量在沖繩附近海岸登陸，擔(dān)心未婚夫阿忠的華織只身回到東京，發(fā)現(xiàn)那里也變成了步行魚的天下。在飛機(jī)上與華織相識(shí)的記者白河為了能獲得更多有關(guān)步行魚的信息，而與華織一同前往尋找阿忠。在經(jīng)歷了一系列與步行魚生物的激烈對(duì)抗后，二人終于抵達(dá)了阿忠叔叔小柳教授的研究室。白河拿到了小柳對(duì)于步行魚的絕密研究，華織也在研究室內(nèi)發(fā)現(xiàn)了被不明病毒感染的阿忠。
華織和白河從小柳口中得知，原來步行魚是日本在二戰(zhàn)時(shí)期研究的秘密武器，但運(yùn)載其的艦船被炸沉在沖繩附近海域。這種秘密武器還帶有一種神秘病毒，感染的生物將會(huì)在身體內(nèi)部產(chǎn)生大量瓦斯，從而推動(dòng)步行機(jī)器的運(yùn)動(dòng)。已經(jīng)感染的阿忠失去了控制，刺死了小柳，華織和白河追隨其來到了大街上。此時(shí)絕大部分的人都遭到了感染，變成了全身腫脹且不停噴出惡臭瓦斯的慘狀。華織的朋友惠理香變成了步行感染者，亞紀(jì)葬身于步行魚池中。阿忠受到其他感染者圍攻而死，白河也受到了感染，最后只有華織一人得以逃脫，和其他未被感染者一起乘船離開日本。然而在影片的最后，步行感染者已經(jīng)遍布了全世界。面對(duì)著的充滿瓦斯的世界，華織只能輕嘆著“我已經(jīng)習(xí)慣了...”