有著復雜家庭環(huán)境的男主角夏目智春在三年前空難意外幸存后，開始被自稱守護靈的青梅竹馬水無神操緒依憑，在高中開學前搬進了其兄長夏目直貴曾居住過的鬧鬼房屋鳴櫻邸，同日，穿著黑色服裝的美女黑崎朱里受其兄長之托將銀色手提箱交給了夏目智春，并喚醒了名為“機巧魔神”的謎之兵器。以得到此手提箱為契機，智春得知了世界隱藏的真實--神舍棄了人類，這個世界曾遭一次毀滅，借助“惡魔”之力再生為“第二度世界” 。被下達了必須運用兵器拯救世界的智春，卻又遇上了自稱惡魔的巫女，還有同樣被幽靈纏上的學生會長等人，男主角身邊圍繞了眾多精彩的各型美少女們，轟轟烈烈的故事也該就此開始了……
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