銜接上季。忍者們離開神秘島，但妮婭的水系元素突然失去了控制，在尋找問題之時，突然收到來自海底的一個能量波，于是闖入了水下五千英尋的無盡大海神殿，里面生活著許多海怪（莫羅匹恩人），他們被一個叫特里瑪的章魚怪領導著，但是他的兒子卡爾瑪卻內心邪惡，他決定用兩個護身符（風暴護身符和海浪護身符）來喚醒海上巨蟒“沃杰拉”，來造出驚人的破壞力?？柆敒榱藢崿F計劃，害死了他的爸爸并嫁禍忍者，后得到兩個護身符，喚醒了沃杰拉，水淹忍者城。忍者城居民的處境十分危險。本多瑪擊碎卡爾瑪的權杖，卡爾瑪失去對沃杰拉的控制，被沃杰拉吞食。妮雅為了擊敗沃杰拉，不顧自身與海洋融為了一體，最終打敗了沃杰拉，妮雅將海水帶出忍者城，自己也留在了海水中。
朱利安·邁克爾斯 邁克爾·亞當思韋特 安德魯·弗朗西斯 山姆·文森特 文森·童 吉爾斯·潘頓 布瑞恩·德拉蒙德 Paul Dobson Deven Christian Mack 凱莉·梅茲格 布倫特·米勒 Sabrina Pitre
小D·馬克 阿什莉·鮑爾 Adam Nurada 布瑞恩·德拉蒙德 珊農·陳-肯特 Ian Hanlin Kazumi Evans 文森·童 艾莉森·雷·羅森菲爾德 Christian Potenza 皮特·紐 麗貝卡·伊索卡 恰拉·贊尼