擁有一頭青色頭發(fā)的男主角名字將叫作深井 青(フカイ·アオ，這名字在日語(yǔ)中帶有“深青”的意義），是一名13歲少年。青的父親蘭頓·薩斯頓(Renton Thurston、レントン·サーストン)行蹤不明，而母親優(yōu)萊卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美軍帶走了。由于繼承了母親的特殊基因，使得他能夠看見(jiàn)人眼所不能看到的東西，如粒徑為20nm大小的光粒子，紅外線、紫外線等等（但在外太空這一特殊生理受到限制）。小時(shí)與診療所里的老醫(yī)生深井 敏夫一同生活，現(xiàn)正在Generation Blue（藍(lán)色世代）中。
　　女主角的名字將是阿拉塔·娜露，同樣是13歲，是與青一同成長(zhǎng)的青梅竹馬。娜露因?yàn)橥陼r(shí)的事故而使擁有”ユタ”的力量(猶達(dá)，是日本沖繩以占卜為職業(yè)的靈媒師的名稱(chēng))的眼睛醒覺(jué)。娜露有能夠聽(tīng)懂珊瑚巖心聲的特異功能，這是因?yàn)樯汉鲙r的一部分在她體內(nèi)成長(zhǎng)，從某種程度上來(lái)說(shuō)她和珊瑚巖存在部分融合，但正是因?yàn)檫@樣，導(dǎo)致她自小身體虛弱，需要把氧氣放入在手上的吸氧器，現(xiàn)與父親、妹妹及祖母一同生活中。
　　本作的舞臺(tái)也設(shè)定在沖繩的磐戶(hù)島上，當(dāng)時(shí)的磐戶(hù)島正進(jìn)行著自治權(quán)回復(fù)運(yùn)動(dòng)，但在某一天，在島上出現(xiàn)的珊瑚巖受到了宿敵白細(xì)胞G-Monster的攻擊，而為了保護(hù)磐戶(hù)島，男主角青與人型IFO（Intelligent Flying Object）相遇，并與G-Monster戰(zhàn)斗的故事就此展開(kāi)。