在太一一行人告別數(shù)碼世界后，數(shù)碼世界并沒有就此關(guān)閉朝向人類的大門，而數(shù)碼世界的內(nèi)部卻沒有太平多少時日，就又開始了紛爭。
數(shù)碼世界急需一批被選中的孩子來維護數(shù)碼世界和人類世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成為了初中生，沒有太多精力和時間能夠和數(shù)碼寶貝們一起并肩作戰(zhàn)，只有阿武和小光成為了新一代的領(lǐng)頭人。被選中的孩子有本宮大輔（木內(nèi)玲子 配音）、井之上京（夏樹莉緒 配音）、火田伊織（夏樹惠 配音）等人，和他們一同戰(zhàn)斗的除了亞古獸、加布獸等，還有新的數(shù)碼寶貝參與。于是，在第一代數(shù)碼人的帶領(lǐng)下，新的數(shù)碼寶貝和守護者們開始了同邪惡勢力的作戰(zhàn)……
山寺宏一 筱原惠美 青野武 阪脩 鄉(xiāng)里大輔 永井一郎 大友龍三郎 大森章督 高島雅羅 森功至 屋良有作 若本規(guī)夫 關(guān)俊彥 勝生真沙子 野本禮三 菅原淳一 鈴木勝美 森山周一郎
諏訪部順一 中村悠一 柿原徹也 立花慎之介 小野坂昌也 渡邊拓海 杉田智和 野島健兒 逢坂良太 前野智昭 大橋賢一郎 三木真一郎 吉野裕行 大河元氣