牙鬼との激闘から2年、それぞれの夢(mèng)に向かって旅立った6人は好天の三回忌をきっかけに再び忍術(shù)道場(chǎng)に集まった。そこへ突如現(xiàn)れた牙鬼の殘黨を相手にお互い成長(zhǎng)した姿を見(jiàn)せ合うように妖怪を倒していく天晴達(dá)。中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風(fēng)花と霞の成長(zhǎng)に驚く一同。なんとこの2年、2人は強(qiáng)さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズ"として平和を守っていたのだった!
　　戦いを終え久々の再會(huì)を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風(fēng)花の母?桜子が現(xiàn)れた。しかも風(fēng)花と霞を誘い“ニンニンガールズ"をプロデュースしているというのだ。さらに世界進(jìn)出を考える桜子から“伊賀崎流"の名前をかけて“ニンニンガールズ"と真剣勝負(fù)を提案される天晴、八雲(yún)、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズ"として受けて立つこととなった。この試合もアピールの場(chǎng)として使おうとする桜子は、新メンバー?九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に與える暴走っぷり。そして數(shù)合わせとして旋風(fēng)も加わり4対4の真剣勝負(fù)が始まった。
　　時(shí)を同じくして、執(zhí)念の復(fù)活を遂げた有明の方が萬(wàn)月の復(fù)活と、真剣勝負(fù)を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開(kāi)始する――。
　　果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出來(lái)るのか! ?