21世紀(jì)初,人類將多數(shù)人留在被哥斯拉蹂躪的地球上,僅使被選中的人們乘上恒星間移民船·阿拉特拉姆,前往能夠移居的“約定之地·τ星e”。但這一計(jì)劃失敗,人類只得再度返回地球。而長距離亞空間航行所引發(fā)的時(shí)空歪曲,導(dǎo)致人類回到的地方變成了“兩萬年后的地球”。在這個(gè)地球,主人公·晴男等人在遭受哥斯拉襲擊的同時(shí),與??宋鞲?、比爾沙爾德兩種族的異星人共同實(shí)行謀劃了20年的“對(duì)哥斯拉戰(zhàn)術(shù)”,通過殊死戰(zhàn)斗成功擊倒了哥斯拉。
但喜悅并未持續(xù)多久,深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”現(xiàn)身了。兩萬年間持續(xù)成長生存、身高300米、質(zhì)量超過10萬噸,在進(jìn)化成這種姿態(tài)的超巨大哥斯拉壓倒性的破壞力面前,晴男等人落花流水。
拯救了晴男的是被視為人類的殘存者“弗圖亞”之民,米亞娜。弗圖亞是他們?cè)谶@個(gè)地球首次遇到的人型生命種族。他們會(huì)是人類的子孫嗎——?!案D亞的神也被哥斯拉擊破,如今只剩下卵。挑戰(zhàn)者、抗?fàn)幷?,全部被火焰吞噬而消失了”面?duì)這樣的他們,晴男回應(yīng)道“這是以人類的雙手奪回地球的最后機(jī)會(huì)了”。
另一方面,比爾沙爾德的指揮官·加爾格,注意到弗圖亞使用的箭頭是由“自律思考金屬體·納米金屬”所制造而歡喜。這和21世紀(jì)他們?cè)诟皇可铰醋鳛椤皩?duì)哥斯拉決戰(zhàn)兵器”所開發(fā)、在啟動(dòng)前遭到破壞的“機(jī)械哥斯拉”由同種物質(zhì)所構(gòu)成。這正是當(dāng)時(shí)的開發(fā)設(shè)備至今仍然殘存的證明——。
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