故事以TV版為基礎(chǔ)，戰(zhàn)斗所剩下的騎士只有六人：城戶真司(龍騎)、秋山蓮(夜騎)、北岡秀一(鋼兵),淺倉(cāng)威(王蛇),霧島美穗(FEMME)和神秘的龍牙RYUGA。霧島美穗成為 騎士的目的是要?dú)⑺罍\倉(cāng)為姊姊報(bào)仇，并令姊姊復(fù)活。而北岡正是幫淺倉(cāng)脫去殺人罪的律師，他因內(nèi)疚而多次幫助美穗，可惜美穗并不接受，令他意興闌珊的退出 騎士之間的戰(zhàn)斗。為了報(bào)仇的美穗不理真司的阻止，仍多次與淺倉(cāng)戰(zhàn)斗，卻反而令自己陷入危機(jī)，當(dāng)淺倉(cāng)向美穗下毒手時(shí)，龍牙突然出現(xiàn)解救美穗，并以強(qiáng)大的力量將王蛇壓倒 ，令美穗成功殺死淺倉(cāng)。由於美穗以為是真司救了她，便相約他出來(lái)吃東西希望報(bào)答他，而真司和美穗的感情亦得以發(fā)展，可惜這個(gè)美好時(shí)刻卻被邪惡的 龍牙破壞。鏡世界中的真司(RYUGA)假冒真正的真司襲擊美穗，美穗於是與龍牙戰(zhàn)斗但不敵，雖然美穗被真司所救，但最後因傷重而死…。
　　另一方面取回小時(shí)候的記憶的優(yōu)衣，知道神崎士郎發(fā)動(dòng)戰(zhàn)斗的目的是為了自己(詳情請(qǐng)看TV版劇情簡(jiǎn)介的部份)，於是她決定以自殺來(lái)阻止神崎士郎的瘋狂行為 。另外真司亦知道自己是小時(shí)候間接害死優(yōu)衣的人，令他感到非常內(nèi)疚。此時(shí)鏡世界中的真司出現(xiàn)，并欺騙真司說(shuō)和他合體可拯救優(yōu)衣，合體後的齜牙以最強(qiáng)Rider的身份向 放夜騎作出挑戰(zhàn)。
　　得悉優(yōu)衣已死的神崎士郎受不了打擊，在痛哭嚎叫下消失了，鏡世界中的成千上萬(wàn)蜻蜓怪因而失控，飛到現(xiàn)實(shí)世界襲擊人類(lèi)。戰(zhàn)斗中的夜騎與龍牙終於發(fā)現(xiàn)優(yōu)衣的屍體 ，在這個(gè)沖擊下真司竟從龍牙的身體中分裂出來(lái)，并和龍牙作宿命決戰(zhàn)。
　　最後真司和蓮變身成SURVIVE形態(tài)，騎著契約獸飛向成千上萬(wàn)的蜻蜓怪，與它們作最後決戰(zhàn)，走向未知的未來(lái)…。